rna紫外交聯(lián)強(qiáng)度是多少?
RNA紫外交聯(lián)強(qiáng)度通常為120mJ/cm2.
紫外線進(jìn)行光交聯(lián)反應(yīng)
光化學(xué)反應(yīng)是指物質(zhì)在可見光或紫外線照射下,物質(zhì)分子吸收光子后所引發(fā)的化學(xué)反應(yīng)。而基于光化學(xué)反應(yīng)的光交聯(lián)則是其重要應(yīng)用之一。光交聯(lián)反應(yīng)是指將合成的光敏小分子化合物作為工具探針,在特定波長的光照射下,產(chǎn)生高活性的中間體,與其受體活性部位形成特異性的不可逆共價鍵結(jié)合的化學(xué)反應(yīng)。
在分子生物學(xué)中,常使用紫外線進(jìn)行光交聯(lián)反應(yīng),用于鄰近分子的交聯(lián)。紫外線為波長在10nm至400nm之間的電磁波。紫外交聯(lián)主要介導(dǎo)蛋白質(zhì)與RNA的分子共價連接,常用紫外線波長有254nm和365nm兩種。其中254nm UV照射下,RNA 中的核苷酸和蛋白質(zhì)中的氨基酸會產(chǎn)生光化學(xué)反應(yīng),轉(zhuǎn)變?yōu)榛钚誀顟B(tài),進(jìn)而形成分子間共價交聯(lián),不過254nm UV介導(dǎo)的分子交聯(lián)效率偏低(HIST-CLIP使用254nm UV進(jìn)行交聯(lián));而365nm UV則可以介導(dǎo)光敏分子,例如4SU與蛋白質(zhì)的高效交聯(lián)(PAR-CLIP使用365nm+4SU進(jìn)行交聯(lián))。
紫外交聯(lián)免疫沉淀
紫外交聯(lián)免疫沉淀(crosslinking-immunprecipitation, clip) 結(jié)合高通量測序,即CLIP-Seq又稱為HITS-CLIP。
CLIP- Seq,全稱為cross linking-immun precipitation and high throughput sequencing,意思是紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序,是一項(xiàng)在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結(jié)合蛋白相互作用的技術(shù),其主要原理是基于RNA分子與RNA結(jié)合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián),以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體沉淀之后,回收其中的RNA片段,經(jīng)添加接頭、RT-PCR等步驟,再對這些分子進(jìn)行高通量測序和生物信息學(xué)的分析,進(jìn)而深入揭示RNA結(jié)合蛋白與RNA分子的調(diào)控作用及其對生命的意義。